จากความเป็นมา วัดนี้เดิมชื่อ "วัดท้ายตลาด" เพราะอยู่หลังตลาดที่มีผู้คนมาค้าขายสินค้าแก่ทหารพม่า ที่มาตั้งทัพเพื่อตีกรุงศรีอยุธยาและจากการดำเนินงานทางโบราณคดี สามารถกำหนดอายุโบราณสถานวัดท้ายตลาดได้ในสมัยอยุธยาตอนปลาย ราวต้นพุทธศตวรรษที่ 24 โบราณสถานในระยะแรกประกอบไปด้วยอุโบสถและกำแพงแก้ว ต่อมาจึงได้มีการบูรณะปฏิสังขรณ์ในสมัยรัตนโกสินทร์ ราวกลาง-ปลายพุทธศตวรรษที่ 24 โดยสร้างอุโบสถหลังใหม่ ทับลงบนอุโบสถหลังเดิม และขยายอาณาเขตวัดโดยการสร้างวิหาร เจดีย์รายและกำแพงแก้ว

โบราณสถานวัดตลาดเริ่มถูกทิ้งร้างไปในปี พ.ศ.2516 หลังจากมีการสร้างอุโบสถวัดตลาดหลังใหม่ ณ ตำแหน่งปัจจุบัน และปี พ.ศ.2555 กรมศิลปากรได้มีการบูรณะโบราณสถานแห่งนี้อีกครั้ง01.

วัดท้ายตลาด เป็นวัดเก่าแก่ สร้างเมื่อปี พ.ศ. ๒๓๐๕ สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย เดิมทีนั้นอยู่ห่างจากลำคลอง ออกไปทางทิศตะวันออก เคยเป็นวัดร้างอยู่ช่วงหนึ่ง สมัยที่เสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง

เมื่อมีการสร้างวัดใหม่ ชื่อวัดตลาด..เลื่อนมาทางทิศตะวันตกติดลำคลอง จึงมีพระภิกษุมาอยู่มากขึ้น เพิ่งจะได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 2 มีนาคม 2527

มีคำเล่าลือสืบกันมาว่า เดิมทีนั้นวัดนี้เรียก "วัดท้ายตลาด" เพราะอยู่หลังตลาดที่มีผู้มาค้าพืชผัก อาหารและสิ่งของต่าง ๆ ให้กับทหารพม่า ในศึกครั้งที่มาตีกรุงศรีอยุธยา ต่อมาก็เรียกสั้นลง ๆ เหลือเพียง "วัดตลาด" ดังที่ปรากฏอยู่ในปัจจุบัน โบสถ์หลังเก่า เลิกใช้ในปี พ.ศ.2516 หลังจากนั้นจึงปล่อยร้าง ที่น่าสังเกตคือ โบสถ์มหาอุตม์ เจดีย์รายย่อมุม ฐานบัวเสมาเก่า บริเวณลวดบัวฐานโบสถ์..มีการนำเศษลอนกระเบื้อง มาทำเป็นลูกพักอกไก่ แทนการในฝนอิฐเป็นลอน ทำให้ทราบถึงการบูรณะ(สมัยรัตนโกสินทร์) ครั้งต่อมาโดยใช้กระเบื้องหลังคา แทนอิฐโบราณ และทราบถึงวิถีชีวิตของคนในยุคอยุธยาตอนปลาย ไม่ใช่ทุกคนที่ถูกกวาดต้อน ให้เข้าไปในกรุงศรีฯ ชาวบ้านบ้างส่วน ยังค้าขายกับพม่า ช่วงที่พม่าล้อมกรุง