การก่อตั้ง: วัดนี้สร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2356 โดยมีนางบุญ (บางแหล่งระบุชื่อนางบุญมี) นายกัน และนายแจ่ม ร่วมกันบริจาคที่ดินเพื่อสร้างวัดขึ้นมา

      ชื่อเดิม: ในอดีตชาวบ้านเรียกว่า "วัดใหม่ทางหลวง" หรือ "วัดใหม่ทางเรือ" เนื่องจากทำเลตั้งอยู่ติดริมแม่น้ำเจ้าพระยา

       การเปลี่ยนชื่อ: ต่อมาในสมัยที่พระอาจารย์เอี่ยมขึ้นปกครองวัด จึงได้เปลี่ยนนามวัดใหม่เป็น "วัดบุญกันนาวาส" เพื่อเป็นเกียรติแก่ผู้บริจาคที่ดินและผู้สร้างวัด