มัสยิดตะเกี่ยโยคิณราชมิสจินจาสยามเป็นศาสนสถานสำคัญของชุมชนมุสลิมตำบลคลองตะเคียน ซึ่งเป็นหนึ่งในชุมชนมุสลิมที่เก่าแก่ของจังหวัดพระนครศรีอยุธยา มีรากฐานสืบย้อนไปถึงสมัยกรุงศรีอยุธยา เมื่อชาวมุสลิมจากหลายเชื้อชาติ เช่น เปอร์เซีย อาหรับ มลายู จาม และมากัสซาร์ เดินทางเข้ามาค้าขาย รับราชการ และตั้งถิ่นฐานในบริเวณนี้ จนเกิดชุมชนมุสลิมที่เข้มแข็งและมีการสืบทอดศาสนาอิสลามต่อเนื่องมาหลายร้อยปี

จากข้อมูลด้านประวัติศาสตร์ท้องถิ่น ระบุว่าบริเวณที่ตั้งมัสยิดเคยเป็นพื้นที่ของวัดโบราณมาก่อน ต่อมาได้พัฒนาเป็นศูนย์กลางศาสนาอิสลาม ภายในบริเวณมัสยิดยังมีสุสานของ "เจ้าพระคุณตะเกี่ยโยคิณ" ซึ่งเป็นบุคคลสำคัญที่ชาวมุสลิมในพื้นที่เคารพนับถือ และเป็นที่มาของชื่อมัสยิดในปัจจุบัน