วัดนนทรีย์ เป็นวัดเก่าแก่วัดหนึ่งที่มีมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี สร้างเมื่อ พ.ศ. 2300 และได้วิสุงคามสีมา เมื่อปี พ.ศ.2310 การสร้างวัดนนทรีย์นั้นไม่ปรากฏนามผู้สร้าง โดยวัดดังกล่าวมีชื่อปรากฎในพงศาวดารสมัยพระบรมราชาที่ 3 (พระที่นั่งสุริยาสอัมรินทร์)ดังความตอนหนึ่งว่า “ ครั้นแล้วกองทัพพม่ายกมาจากเมืองสุพรรณบุรียกมาตามท้องทุ่ง พบกองทัพไทยตั้งค่าย รายรับตามตำบล ลำน้ำ เอกราชเป็นหลายค่าย ก็ขับพลทหารข้ามน้ำแยกออกเป็นหลายกองเข้าตีค่ายไทยทุก ๆ ค่ายได้รบกันเป็นสามารถ พลทัพไทยฝืมืออ่อน สู่พม่ามิได้ก็แตกฉานทิ้งค่ายเสียทุกค่าย พ่ายหนีกระจัดพรัดพรายไม่เป็นหมวดกอง และเจ้าพระยามหาเสนา(พระอภัยราชา) แม่ทัพไทยนั้น ขึ้นช้างหนีมาถึงทุ่งวัดนนทรีย์ ทัพพม่าควบไล่ตามมาทัน พุ่งด้วยหอกซัดตายตกจากหลังช้างและพระยายมราชก็ต้องหอกซัดไปหลายแห่งหนีมาถึงพระนคร” นอกจากนี้แล้ว พระประธานในโบสถ์เดิมเป็นพระประธานในโบสถ์ของวัดแหลมดุสิต หรือวัดเบญจมบพิตรดุสิตวนารามปัจจุบัน