เดิมเป็นวัดเก่าปรากฏเป็นหลักฐานโคกวัดร้างมาร้างในสมัยใดไม่ปรากฏ สันนิษฐานว่า เดิมคงเป็นวัดที่มีความเจริญรุ่งเรืองมาก่อน  จากหลักฐานที่หลงเหลืออยู่และเดิมมีชื่อว่า "วัดหลวงพ่อสำเภา" ต่อมาในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนกลาง  มีชาวมอญกลุ่มหนึ่ง อพยพแตกทัพหนีภัยจากสงครามมาจากเมืองหงสาวดี  เขามาพึ่งพระโพธิสมภารกษัตริย์แห่งกรุงศรีอยุธยา เดินทางรอนแรมมาโดยอาศัยเรือสำเภาเป็นพาหนะในการเดินทาง ประกอบสภาพเป็นช่วงฤดูน้ำหลาก  เดินทางขึ้นมาตามแม่น้ำลพบุรี (เมืองนพบุรีชื่อเดิมจากสมุดข่อยโบราณ) ในขณะนั้นเกิดลมพายุฝนฟ้าคะนอง สภาพของแม่น้ำละบุรีตอนที่ผ่านอำเภอบ้านแพรกมีสภาพที่คดโค้งมากที่สุด กระแสน้ำเชี่ยวกลาด  ทำให้เรือสำเภาที่ชาวมอญอาศัยมานั้นล่มจมลงเสียก่อนถึงจุดหมายปลายทาง ในบริเวณใกล้เคียงเรือล่มนั้นมีโคกวัดร้างที่ไม่ท่วมน้ำ ชาวอายอพยพ ได้อาศัยโคกวัดร้างเป็นการชั่วคราว ตลอดระยะเวลาที่อาศัยโคกวัดร้างแห่งนี้หลับนอน ชาวมอญพบซากปรักหักพังของพระพุทธรูปมากมาย เกิดความเลื่อมใสศรัทธาพระพุทธศาสนาอย่างมาก  จึงได้สร้างพระขึ้นที่โคกวัดร้างแห่งนี้ไว้กราบไหว้ และทิ้งซากเรือสำเภาไม่สามารถซ่อมแซมได้ไว้ที่โคกวัดร้าง แห่งนี้ไว้กราบไหว้ และทิ้งซากเรือสำเภาไม่สามารถซ่อมแซมได้ไว้ที่โคกวัดล้างแห่งนี้ เป็นอนุสรณ์แห่งการเดินทางและที่พึ่งทางใจของคนทุกคน

          ช่วงระยะเวลาต่อมามีภิกษุจากเมืองเหนือเดินทาธุดงค์มา เมื่อปี พ.ศ. 2468 ได้มาปักกรด ธุดงค์ที่โคกวัดแห่งนี้ ทราบนามภายหลังว่าชื่อ พระภิกษุทองดี ในขณะที่ท่านธุดงค์อยู่บนโคกวัดร้างแห่งนี้เป็นป่ารกมองไม่เห็นองค์ประวัติความเป็นมาของโคกวัดร้างแห่งนี้ พระภิกษุทองดีพร้อมด้วยชาวบ้านช่วยกันถากถางโคกวัดและบูรณะวัดใหม่ พบพระพุทธรูป ซากเรือสำเภาเสากระโดงเรือปรากฏอยู่ตามคำบอกเล่า ทุกประการ ยิ่งทำให้ท่านเลื่อมใสศรัทธามากขึ้น พระภิกษุทองดีเริ่มสร้างวัดแห่งนี้โดยวางฐานราก ช่วงล่างเป็นรูปเรือสำเภา  มีองค์พระประธานอยู่บริเวณกลางเรือ แต่ขาดทุนทรัพย์จึงทำให้ท่านต้องเดินทางกลับเมืองเหนือ  เพื่อหาเงินมาก่อสร้างต่อ แต่ท่านไม่ได้กลับมาอีกเพราะถูกลอบยิงถึงแก่มรณภาพที่เมืองเหนือเป็นที่น่าเสียดายเราจึงไม่ได้เห็นรูปเรือสำเภาที่พระภิกษุทองดีวางโครงการไว้ ประกอบกับโครงเหล็กที่ผูกเอาไว้ถูกขโมยตัดเอาไปขายหมด ไม่มีผู้สานต่อ วัดหลวงพ่อสำเภามาซ่อมครั้งใหญ่เมื่อปี พ.ศ. 2514  ปัจุบันทุกวันที่ 16 เมษายนของทุกปี จะมีงานปิดทอง สรงน้ำพระ  เป็นงานไหว้วัดหลวงพ่อเภา ถือว่าเป็นพระพุทธรูปคู่บ้านของชาวอำเภอบ้านแพรก