สร้างขึ้นเมื่อ ปี พ.ศ.2493 โดยมีนายโต๊ะ ไกลที่พึ่ง เป็นผู้บริจาคที่ดินจำนวน 9 ไร่ 2 งาน ให้สร้างวัดเนื่องจากในสมัยนั้นหมู่บ้านสองห้องยังไม่มีวัดให้ประชาชนได้ทำบุญ เมื่อมีงานบุญหรือพิธีทางศาสนาต่าง ๆ ก็ต้องเดินทางไปที่วัดใกล้เคียง หลวงพ่อจ่ายที่สมัยนั้นเป็นเจ้าอาวาสอยู่ที่วัดรุ้ง จังหวัดอ่างทอง เป็นผู้นำในการสร้าง โดยขอรื้อหอสวดมนต์เก่าจากวัดรุ้ง และขอกุฏิเก่า ๆ จากวัดต่าง ๆ เช่น วัดสำพะเนียง มาปลูกสร้างพอให้พระภิกษุ สามเณรได้พักอาศัยชั่วคราว โดยอาศัยแรงศรัทธา แรงกายและแรงใจของชาวบ้านมาร่วมกันก่อสร้างเป็นวัดขึ้นมา และได้ตั้งชื่อว่า วัดใหม่ไกลที่พึ่ง ภายหลังได้เปลี่ยนชื่อเป็น วัดใหม่สองห้อง ตามชื่อตำบลที่ตั้งของวัด