บริเวณที่ตั้งวัดมีคลองห้วยกรดหรือคลองบ้านกรดมาสบกับคลองโพ ในอดีตจึงเป็นที่ตั้งของด่านเก็บภาษีริมคลองบ้านกรด ซึ่งมีคลองควายขุดมาสบผ่านหน้าวัดอีกสายหนึ่งด้วย ตามประวัติใน ประวัติวัดทั่วราชอาณาจักร เล่ม 4 ระบุว่าสร้างเมื่อ พ.ศ. 2206 โดยมีนายด่านใหญ่ชื่อพระยาสีหราชเดโช เป็นผู้สร้างวัดนี้ขึ้น และมีอีกวัดหนึ่งอยู่ทางตอนใต้มีนามว่า วัดขนอนใต้ จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น วัดปทุมสิงขรขนอนเหนือ หรือเรียกสั้น ๆ ว่า "วัดขนอนเหนือ" เมื่อ พ.ศ. 2327 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาประมาณ พ.ศ. 2225 เขตวิสุงคามสีมา กว้าง 9 เมตร ยาว 22 เมตร^[1] เมื่อเสียกรุงศรีอยุธยาใน พ.ศ. 2310 วัดนี้ทรุดโทรมลง พระภิกษุชื่อ คง ได้มาบูรณะใหม่ และคงมีการซ่อมแซมปฏิสังขรณ์อีกหลายครั้ง ด้วยมีจารึกหินอ่อนฝังที่ผนังหน้าอุโบสถว่า "พระถุงเงินกับคณะสังฆนายก และกรรมการสัปบุรุษ ซ่อมเมื่อ พ.ศ. 2493 สำเร็จ พ.ศ. 2497"